以前に、Googleの「link:コマンド」と「site:」コマンドは信頼できる結果を返さないと、解説したことがあります。
「link:」コマンドがすべてのバックリンクを表示しない理由は、Matt Cutts（マット・カッツ）氏がビデオで説明しています。
Googleが、公に「link:」コマンドの不正確さを認めたと言っていいでしょう。
一方、Google Webmaster Help ForumではGoogle社員のJohn Mueller（ジョン・ミューラー）氏が、「site:」コマンドが不正確なことを認めています。
For information about the number of URLs indexed, I’d recommend submitting a Sitemap file with the preferred URLs through Webmaster Tools. There you can see the number of URLs (based on the ones that you submitted) that were actually indexed. This number is much more realistic than the rough approximation given in a site:-query (also keep in mind that the site:-query is a restrict, so it’s by design not a conclusive list of matching URLs).
That said, one of the most important elements in having many URLs indexed properly is to make sure that the content returned is unique and compelling. If for instance you are hosting the exact same content on multiple URLs, this can result in us only indexing one copy. Similarly, if we determine that the content is generally the same as available elsewhere, this can result in us not indexing as much as we might otherwise.
At any rate, focusing on the site:-query rough approximations will not lead to useful results.
ポイントを簡潔にまとめると、次のようになります。
- 検索での「site:」コマンドはおおまかな情報しか返さない
- GoogleウェブマスターツールでXMLサイトマップを送信して確認したほうがよい
- ウェブマスターツールが示すURLの数が実際にインデックスされているURLの数
最後の１文で、「とにかく、site:クエリの概算値に焦点を当てても役にはたたないよ」とまで言っています。
Googleウェブマスターツールを使えば、自分の管理サイトのより正確な（注：「完全」ではない）バックリンク状況／インデックス状況を知ることができます。
しかし、自分が管理していないサイトの状況は調べることができないということになります。
「link:」コマンドの場合は、リバースエンジニアリングでSEOに乱用されるのを防ぐためにすべての情報を返しませんでした。
「site:」コマンドも同じ理由から、第三者には一部を隠しているのかもしれません。