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スマートフォンユーザーに対して専用アプリのダウンロードを“インタースティシャル”のポップアップで通知するとスマートフォン版Googlebotのクロールに支障が出でくるかもしれません。
GoogleのJohn Mueller（ジョン・ミューラー）氏がGoogle+の投稿で注意するよう喚起しました。
“インタースティシャル (Interstitial)”は広告でよく使われる仕組みです。
ページを遷移したときに目的のページが表示される前に広告ページが自動的に挿入されるサイトを経験したことがないでしょうか。
ニュース系のサイトに多いですね。
広告を見終わるかスキップするボタンを押さないと見たいページが見られず、うっとおしく感じるひともたくさんいそうなアレです（僕はそう感じる1人ですw。もっとも、無料で情報を提供する代わりにスポンサーPRをしているので意図は理解できますが。）。
同じようなコンセプトで、「ブラウザでサイトを閲覧するよりも専用のアプリをダウンロードしたほうが使いやすいですよ」と促すメッセージを訪問すると同時に挿入してくるサイトがあります。
Image Credet: www.xkcd.com/1174/
ダウンロードボタンかキャンセルボタンをタップしないとこれより先にユーザーは進むことができません。
Googlebotにとっても同じことで、以降のページへのアクセスをブロックされる可能性が高くなります（Googlebotはタップできない！）。
結果として、スマホ向けのコンテンツを理解することが困難になってしまいます。
専用アプリのダウンロードを促すことは決して悪いことではありません。
ブラウザよりも専用アプリを使ったほうが使いやすいサービスも多いですね。
でもだからといって、アプリのPRを強制的に挿入してさらに先に進めなくしてしまうとGooglebotのクロールを妨害することに繋がるかもしれません。
認識しておきましょう。
必要であれば、Googleが推奨するスマートフォン向けサイト構成をこちらの記事でもう一度確認しておきましょう。
P.S.
蛇足ですが、僕は個人的には、Googlebotのクロール以前に、アプリのダウンロードであろうが広告であろうがユーザーが予期せぬ通知を前触れなくいきなり差し込んでくる仕組みはユーザーエクスペリエンスを低下させるやり方だと感じます。