[レベル: 初級]
head セクションに iframe タグを埋め込んではいけません。iframe タグ以降の要素は Google にすべて無視されます。
つまり、head セクション内の iframe はSEO に実害を与えます。
iframe を body タグの開始とみなす
そもそも、head セクションの中 に iframe を配置することは HMTL の仕様として正しくありません。
しかし、もし head 内に iframe が存在していた場合、ブラウザは通常、ページ全体が提供されなくなってしまうことを防ぐために、iframe を見つけるとそこから body セクションが始まったと認識します。
そして読み取りを継続します。
結果として、iframe よりも後ろにある（head セクション内の要素として認識されるべき）要素を無視してしまうのです。
この振る舞いは検索エンジンにも共通します。
たとえば、次のような順番で iframe タグが head セクションに配置されていたとしましょう。
<html>
<head>
......
<title>head セクションに iframe を埋め込んではいけない</title>
<meta name="description" content="head セクションに iframe を埋め込むと Google はそこで body セクションが始まったとみなし、以降の要素を無視する。" />
<iframe>...</iframe>
<link rel="canonical" href="https://example.com/do-not-insert-iframe-in-head.html" />
<link rel="alternate" hreflang="ja" href="https://example.com/do-not-insert-iframe-in-head.html" />
<link rel="alternate" hreflang="en" href="https://example.com/en/do-not-insert-iframe-in-head.html" />
<link rel="alternate" hreflang="de" href="https://example.com/de/do-not-insert-iframe-in-head.html" />
......title タグと meta description タグは正常に認識されます。iframe タグの上にあるので何も影響を受けません。
一方、rel="canonical" タグ と hreflang 要素は iframe の下にあります。
したがって、これらのタグ・要素は Google に無視されます。
つまり、機能しません。
初めにも書いたように、仕様上 iframe は head セクションに記述すべきものではありません。
自分で意図して埋め込むことはまかり間違ってもやってはいけないことです。
ところが外的要因によって、たとえば、サードパーティ製の JavaScript が気付かないところで iframe を head セクションに挿入してしまうことがありえます。
この記事で紹介した iframe のトラブルは、Google の Martin Splitt（マーティン・スプリット）氏が、DeepCrawl 主催の JavaScript SEO 動画チャットで触れたものです。
ちなみにこの YouTube 動画も iframe で埋め込まれています。
スプリット氏は実際に、サードパーティ製 JavaScript が head セクションに iframe を埋め込むという悪さをした事例を見たことがあるのでしょう。
head セクション内の要素が想定どおりに機能していないときは、head セクションに iframe が紛れ込んでいないかどうかを疑うこともトラブルシューティングの 1 つに含めておくとよさそうです。