Yahoo! JAPANの検索システムのGoogleへの移行が完了すると、バックリンクを調査するlink:コマンドはほぼ間違いなく使えなくなります（使えるけれど使いものにならなくなる）。
日Yahoo!が提供するYahoo!検索サイトエクスプローラーはサービス終了が決定して、近いうちにこのツールでもバックリンクを調べることができなくなります。
こうなるとバックリンク調査に使うツールは限られてきて、ほとんどのサイト管理者は米国版のYahoo! Site Explorer(以下、YSE)に頼ることになるでしょう。
米国版のYSEは、米Yahoo!がグローバルでのBing移行を完了させる2012年初頭まではサービスを継続する予定です。
まだしばらくはバックリンクを調べることができそうと安心したのもつかの間、米YSEでのバックリンクデータが激減しているようです。
WebmasterWorldのスレッドによれば、ここ数日間で半分くらいがなくなり、ひどいケースでは85%近くが失われたそうです。
この問題についてYSEのプロダクトマネージャからのコメントが Yahoo! Site Explorer Suggestion Board で引用されています。
We are working with the Microsoft team to ensure that webmasters can continue to use Yahoo! Site Explorer to view inlinks (a.k.a backlinks) to a given webpage or a website and to further be able to export them as CSV if desired.
Please note that this functionality will be available only through the Site Explorer UI and not through the Webservices API.
“サイト管理者が、指定したウェブページやウェブサイトのバックリンクを見たり、必要ならCSVでエクスポートしたりできるようにYahoo! Site Explorerを使い続けられるようにマイクロソフトと協力して取り組んでいるところだ。
ただし、この機能はYahoo! Site ExplorerのUI（管理画面）からしか利用できなくて、ウェブサービスのAPIからは利用できないことに注意してほしい（※鈴木注：APIの提供は2010年終わりに終了予定）。”
対応中とのことなので、しばらく待てばバックリンクデータも復活するでしょう。
YSEで定期的にバックリンクレポートを調べているなら少しの間我慢ですね。
少し疑問に感じたのはバックリンクデータはどこから来ているかということです。
Yahoo!のクローラ自体はまだ動いているのでYahoo!が取得したデータになるのでしょうか？
それともBingのクローラが集めたデータになるのでしょうか？
Bing検索のlink:コマンドもGoogleと同様に一部のサンプリングしか返しませんが、外に出さないだけであって、当然のことながら内部ではリンクデータを取得しているでしょう（刷新したBing Webmaster Toolsに近いうちに登場する“Link Explorer”という機能では管理サイトに関してはバックリンクが見られるようになります）。
したがってBingのデータを使うことは可能なはずです。
「マイクロソフトと協力して(“working with the Microsoft team”)」というのはBingのデータを使うことを意味しているとも考えられます。
もっともどちらのデータでも大きな問題にはなりませんが（少なくとも僕にとっては）。
「2012年になったらどうすればいいの？」という不安はつきまとうかもしれません。
しかししばらくの間は、管理サイト以外のサイトのバックリンクを調べたければ米国版のYahoo! Site Explorerが使えそうです。
今現在データ量が減っているかもしれませんが、慌てずに間隔を空けて再チェックするといいでしょう。
P.S.
ちなみに僕は、バックリンクデータを知りたいときはSEOmozのOpen Site Explorerを(PROメンバーシップで)利用しています。