[レベル: 中級]
サイト全体をHTTPからHTTPSへ移行した際には、Search Consoleに新たに登録したHTTPSサイトの方でリンクの否認ファイルを再度アップロードし直す必要があります。
HTTPサイトのプロパティで送信していたリンクの否認は、HTTPSサイトには引き継がれません。
HTTPS移行後にペンギンが戻ってきた!?
GoogleのGary Illyes（ゲイリー・イリーズ）氏にTwitterでフォロワーが次のように質問しました。
おかしなことが起こりました。クライアント（のサイト）をhttpからhttpsへ移行したら、ペンギンアルゴリズムのペナルティがまた戻ってきたように見えます。
Search Consoleのアカウントに新しいhttpsのサイトを追加しました。でも、否認ファイルは移行していません。（httpsで登録したサイトは）新しいサイトとして認識されて、新たにペナルティを受けてしまったのでしょうか？
この質問を見ていた別のフォロワーが追加でイリーズ氏に質問します。
いい質問ですね。https移行後は新しい否認ファイルを送信する必要がありますか？
イリーズ氏は、このように回答しました。
OK、担当チームに確認してみた。そのとおりで、Search Consoleのhttpsサイトのプロファイル側で否認ファイルを再アップロードする必要がある。
HTTPサイトとHTTPSサイトは別サイト
httpからhttpsとはいえURLが変わるので、Googleからしてみれば移行前のHTTPサイトと移行後のHTTPSサイトは別々のサイトとして認識されます。
Search Consoleのなかでは“移行”という概念や操作は存在しません。
したがって、https:// で始まるURLで新たに登録する必要があります。
HTTPSサイトは新規サイト扱いとなり、結果として、たとえ同じものであったとしても否認ファイルをHTTPSサイト側でもアップロードしなければならないということになるのです。
質問者のクライアントのサイトのケースでは、HTTPサイトで効果を出していたリンクの否認がHTTPSへの移行をきっかけに効かなくなってしまい、ペンギンアップデート（もしくは不自然なリンクを検出するほかのアルゴリズム）に補足されてしまった可能性は十分に考えられます。
リンクを否認していなければまったく無関係な話ですが、常時HTTPS移行のチェックリストに次の項目も追加しておいたほうがいいでしょう。
- Search Consoleに登録したHTTPSサイトのプロパティで、否認ファイルを再アップロードする